W październiku 2007 roku Grzegorz Braun ujawnił taką informację w mediach. Twierdził on, że w 1978 roku Jan Miodek został zarejestrowany najpierw jako kandydat, a potem jako stały współpracownik SB. Dowody na to miały się znajdować w teczkach Instytutu Pamięci Narodowej.
Znany naukowiec stanowczo zaprzeczył i zażądał przeprosin oraz odszkodowania. Gdy Braun odmówił, profesor Miodek skierował sprawę do sądu.
Przez następne miesiące w charakterze świadków występowali głównie historycy z IPN oraz Uniwersytetu Wrocławskiego, a także pracownicy SB. Ich zeznania nie poparły oskarżeń Grzegorza Brauna. Według opinii profesora Włodzimierza Sulei służby specjalne rzeczywiście interesowały się Janem Miodkiem, ale nie znaczy to, ze zgodził się on podjąć współpracę.
Wyrok w sprawie ma zapaść 3 lipca.
